在德诺星系毁灭之后，恶魔与天使的战争再度展开，一些护卫天使在德诺星系遭受重创，宇宙双子与恶魔突破天城防线，杀掉了天城半数的天使战士，第二次恶魔与天使的战争以天使失败而告终。而对于天使们来说，宇宙双子当然也成为了不共戴天的敌人。
关于天使的信息到这里便结束了，但是关于烈阳和宇宙双子的并没有。宇宙双子被烈阳视为最大的仇人，烈阳众神有意要与恶魔决一死战，但都被潘震所阻拦。
烈阳的影响力不断地下降，治下的强大文明开始蠢蠢欲动起来与此同时，在烈阳治下的超神学院中，名为“齐天大圣”的第三代神河超级基因开始了试验，但是由于数据估计出现了差错，实验对象发生了暴动，超出了当地超神学院的控制。
一个完全没有神河道德规范的兽体超级战士就这样堂而皇之地出现在了宇宙之中，随后阴差阳错地来到了烈阳星，强大的战斗基因让烈阳星一众神将无可奈何。
最终莫甘娜听闻后，让哲降服了那只妖猴，准备收入麾下。名为齐天大圣的半兽体超级战士在哲的教化下渐渐地形成了类似于人类的思维方式，不过它虽然不好杀戮，但是喜欢打斗，而在打斗时却往往没有分寸。
当时有多个文明遭受了它的毒手，而哲每次都与这只猴子站在一起，被天使们自然而然地认为是他所做。就连彦也深信不疑。
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从此两千年间，陆陆续续地有文明遭此毒手，而每当齐天大圣发狂的时候，只有哲可以将其降服。
至于莫甘娜，在那之后几乎忘了这档子事，她每时每刻都在乐此不疲地追杀神圣凯莎。只是凯莎自从第二次天使战争之后便消失了，每次莫甘娜能够发现的不过是一队或几队普通天使战士。
直到有一天，恶魔们捕获了一个不同寻常的天使战士，她就是天使彦。
彦被俘后，哲便回到了恶魔一号上，为了保护她几乎是寸步不离。此时哲已经很强了，强大到了连莫甘娜都无法匹敌的地步。
在彦的劝说下，哲将她放回了天使星云，但哲此时也知道了神圣凯莎所在的位置。数千年的仇恨一下子冲昏了他头脑，对凯莎发起了决战。
神圣凯莎之所以消失了这么多年是因为在上次的战争中被哲与莫甘娜联手重创，一直没有恢复至巅峰状态，而此时的哲已经升级了第二代的神体，对上凯莎丝毫不落下风，甚至将凯莎压制。
天使们群起而攻之，无不被哲重创。与神圣凯莎的战斗将凯莎所在的小行星的表面几乎摧毁，而凯莎也不敌他，狼狈逃走。
莫甘娜在收到消息后立刻组织恶魔的军团，向着凯莎所在的星域进攻，而就在这个时候，天使们不知怎么回事突然大批大批地升级了第二代神体。恶魔军团在升级之后的天使面前不堪一击，最后只有哲独挡一面，掩护了莫甘娜以及残余的恶魔们撤退，自己则陷入了天使们深深地包围之中。
天使们围攻宇宙双子，久攻不下，连神圣凯莎也毫无办法。再次亲自出战，再次败在了他的手上，看着哲充满仇恨的眼神，神圣凯莎也会感到恐惧。最终还是天使彦在背后给予了他致命的一击，那时候哲第二代神体远不像现在的神体一样坚硬，高阶天使操纵的烈焰级武器可以轻松地破开它的防御。
巅峰对决容不得半点儿失误，更何况是要害受伤。哲被凯莎的银刃死死地插在了地上，第二代神体很快就被瓦解了，而哲的生命也停留在了这场大战之中。莫甘娜听说之后，再度进攻天使，目的则是为了给哲报仇。但最终也是败北，第三次天使与恶魔的战争以恶魔的覆灭结局了。
莫甘娜一直与死神卡尔有所牵连，两人说不清道不明的关系。卡尔为所有的恶魔战士包括莫甘娜在内都保留了一部分基因样本，经过大时钟的加工可以使恶魔再生，这是恶魔基因独有的能力。
而齐天大圣，那只猴子在烈阳的境内横冲直撞，最终被潘震协同烈阳众将施展出的太阳化身所融化，而基因则是被保留在了烈阳文明下超神学院分院中。
幸存的杜卡奥在这些年间四处寻找着强大的基因，经过重重困难之后，他取得了齐天大圣的基因。由于这个超级战士作恶多端，杜卡奥为了避免祸乱再现，打造了一个金色的头箍，可以通过特别加密的密码来短时间内剥夺基因持有者的能力。
在超神学院的校长太空的指引下，杜卡奥前往了地球，并在那里建立了一座超神学院。杜卡奥并不知道太空的用意究竟是为何，但他看到这里初升的文明，心中充满了愧疚，并下定决心不再痴迷于战争，而是用尽自己的一切去保护这个文明，也算是对德诺星系百亿的生命进行赎罪。
而太空的用意自然就是宇宙双子，它将第三代宇宙双子交予了死神卡尔，在经过卡尔的雕琢后将它放入了地球，经过了数千年，基因会在这个地球人一脉的体内稳定，随时等待着再次激活。
此后，宇宙的秩序规划者重新成为了天使，而烈阳、恶魔等文明几乎退出了宇宙的舞台。直到现在！
天基王鹤熙不断地在发明新的科技，新的神体技术。凯莎升级了天使文明独有的神圣之躯，而不败之体更是装备给了多名护卫天使，更多的天使战士晋升第三代神体。梅洛天庭俨然已经成为了一尊无法撼动的庞然大物。
而神圣凯莎的陨落，天宫的复出，宇宙双子的降世将整个宇宙运行已久的秩序打乱了。
烈阳不甘于再被套上这厚厚的枷锁，天宫也不甘于被驱逐于外，两大超级文明向着正义秩序宣战，只不过一个是在反抗正义秩序，另一个则更直接一些。
一万年的历史中的一幕幕在沉翦的脑海里浮现，虽然不能精细地全部看完，但是重要的部分沉翦一点儿都没有落下。经过了足足两天的时间沉翦才从暗位面中清醒过来。